Il progetto, oltre ad un attento restauro delle navata della chiesa, in cui sono stati riportati in luce gli strati pittorici originali, sono stati attuati interventi di riorganizzazione dei locali annessi realizzando così una loro definitiva sistemazione e razionalizzazione delle funzioni (spazi da destinare alle associazioni, locali per il parroco, sala conferenze).
Il sito in cui si erge il complesso ecclesiastico, già noto per la sua complessità in fase di progetto, si è rivelato durante la esecuzione dei lavori particolarmente ricco di tracce di modificazioni riferibili a diversi periodi storici.
Dall'edificio romano, di cui si aveva già traccia nel locale in cui Sant'Agata fu tenuta segregata e negli altri lacerti di fabbrica visibili all'interno del complesso, alla cappella Guarrera (secolo XV), al bastione della cinta muraria (seconda metà del XVI secolo), fino agli interventi di sistemazione del Battaglia (seconda metà del sec. XVIII). Il cantiere ha permesso di verificare alcune ipotesi di datazione ed una interpretazione più realistica per parti omogenee della fabbrica.
Durante i lavori è stata attuata una campagna di scavi archeologici, prevista in sede di progetto data la particolare natura dei luoghi e la prossimità ad architetture romane (anfiteatro, etc..), che ha messo in luce diverse strutture negli ambienti adiacenti la chiesa sul lato sud.
Alla ricchezza delle stratificazioni della fabbrica in elevazione si aggiungono gli elementi rinvenuti con gli scavi. La sistemazione definitiva ha tenuto conto delle emergenze storiche nel tentativo di valorizzarle adeguatamente senza perdere di vista l'unitarietà dell'insieme